En los años 1928-30 existió en Villanueva el primer equipo formal denominado "Vandalia, que vestía camisola azul celeste y pantalón blanco, tenía el Campo de Fútbol en la Carreterilla de la Fuensanta. El primer equipo denominado C.D Villanueva data de los años 1931-32 y vestía camiseta y pantalón blanco.Misma vestimenta que en la actualidad. Tras el parón de la guerra civil llegaría una de las épocas más célebres del club, con grandes jugadores como los hermanos Quesada, Ramoní, Juanito Marco "Sardina" y Rafael entre otros. La afición despertó y el ayuntamiento construyó un nuevo campo de grandes dimensiones. Vinieron jugadores de Madrid, Vozmediano y otras localidades para completar un equipo Campeón Provincial con gran margen de puntos sobre el segundo seguidor.
Al marcharse los jugadores forasteros, una gran camada de jóvenes villanovenses se abrió paso en el equipo. Domínguez, Fuentes, Naranjo, Yeste, los hermanos Uceda, Montañéz y Antoñito Fraile entre otros.En esta época se empezó a pagar a los jugadores. El que más cobraba recibía diez duros. Después llegaría una gran temporada de decadencia del fútbol local por falta de instalaciones, que sería recuperada en los años 70 y 80. El equipo militó durante la década de los 80, 8 temporadas consecutivas en 3º División con grandes logros, como la tercera plaza conseguida en la temporada 82-83 que garantizaba la participación en Copa del Rey para el año siguiente donde se enfrentó entre otros equipos al Sevilla Atlético (al que eliminó) y el Málaga de Primera División.
He aquí una de las mejores plantillas que tuvo el Villanueva (Temporada 83-84).
Porteros: Carrero y Miguel Ángel
Defensas: Sánchez, Beli, Carriquí, Alarcón, Rafa Rivas, Yimi, Garrido y Felipe (procedía del R. Bailén)
Medios: Mariño, Casas, Troya, Paquillo (Bailén), Isidro y Correro (ambos del San José-Linares)
Delanteros: Carles, Chemi, Indio, José (San José-Linares) e Iribar (San José-Linares)
En la actualidad el club milita en la Regional de Jaén y es dirigido por Fernando Carriqui
